Pracownia Genomiczno-Transkryptomiczna

Pracownia Genomiczno-Transkryptomiczna zapewnia nowoczesne, wszechstronne i unikalne wsparcie w dziedzinie biologii molekularnej dla naukowców prowadzących badania biologiczne zarówno w zakresie podstawowym, jak i aplikacyjne projekty biomedyczne i biotechnologiczne. Oferowane usługi oraz współpraca naukowa kierowane są do naukowców i firm zainteresowanych między innymi poznaniem mechanizmów rozwoju i funkcjonowania organizmów roślinnych i zwierzęcych oraz podłoża chorób cywilizacyjnych i neurodegeneracyjnych. Pracownia świadczy usługi związane z wykorzystaniem komórek macierzystych w medycynie regeneracyjnej, testowaniem nowych farmaceutyków oraz z opracowaniem nowych metod konstrukcji szczepionek, nośników farmaceutyków i metod zwalczania mikroorganizmów. Prowadzi także działalność dotyczącą wykorzystania mikroorganizmów w biotechnologii środowiskowej.

Pracownicy zapewniają merytoryczne, sprzętowe i technicznie wsparcie dla naukowców i firm prowadzących badania oraz prace rozwojowe.

Zakres świadczonych usług

• analizy poziomu białek metodą western blott,
• transfekcje i transformacje komórek,
• projektowanie konstruktów genetycznych o różnym stopniu złożoności, klonowanie DNA,
• synteza RNA metodą transkrypcji in vitro,
• analizy northern blot z sondami znakowanymi radioizotopowo lub fluorescencyjnie,
• EMSA RNA i DNA (badanie oddziaływania białko-RNA i białko-DNA),
• primer extension (sekwencjonowanie RNA w żelach poliakrylamidowych, wyznaczanie miejsc startu transkrypcji),
• analizy poziomu mRNA metodą droplet digital PCR, Real-time PCR (w tym walidacja wyników analiz wysokoprzepustowych metodą analizy regresji), RT-PCR i PCR,
• Wykorzystanie technologii mikroprzepływych do prowadzenia eksperymentów genomicznych, transkryptomicznych lub fenotypowych na poziomie pojedynczych komórek,
• Ultrawysokoprzepustowe sortowanie kropel w układach mikroprzepływowych m.in.. pod kątem selekcji komórek produkujących aktywne warianty enzymów, przeciwciał lub ich fragmentów, peptydów oraz innych aktywnych biomolekuł z wykorzystaniem bardzo dużych bibliotek mutantów lub metagenomowych (do 10 mln wariantów),
• Wzbogacenie mikroorganizmów lub ich konsorcjów z próbek środowiskowych za pomocą technik mikroprzepływowych.

Baza aparatury

• System do analizy ekspresji na poziomie genów i białek umożliwiający również prowadzenie badań w pojedynczych komórkach, składający się z między innymi następujących urządzeń: droplet digital PCR (QX200 Droplet Digital PCR System (Bio-Rad), lightcykler real-time PCR (StepOne Applied Biosystems), termocyklery gradientowe (Bio-Rad, Eppendorf), automatyczna stacja do izolacji RNA (Maxwell RSC), blok do hybrydyzacji in situ (Bio-Rad) systemem do dokumentacji obrazu fluorescencyjnego, chemiluminescencyjnego (ChemiDoc MP, Bio-Rad), sprzęt do każdego typu elektroforez i transferów, systemy do archiwizacji wszelkiego typu żeli i blotów,
• Skaner laserowy Typhoon FLA 9500 z wyposażeniem oraz pracownia biologii molekularnej i pracownia analiz radioizotopowych wyposażone w sprzęt niezbędny do znakowania i analiz jakościowych i ilościowych RNA i DNA m.in. lightcykler real-time PCR (Roche), termocyklery gradientowe (Bio-Rad), piece hybrydyzacyjne, aparaty do elektroforez,
• Zestaw urządzeń mikroprzepływowych do analiz genomu i transkryptomu pojedynczych komórek oraz wysokoprzepustowego screeningu. Zestaw ten obejmuje ultraszybką kamerę Photron AX-100, precyzyjne pompy strzykawkowe Cetoni, mikroskop odwrócony, detektory oraz źródła światła, urządzenia elektroniczne wraz ze specjalistycznym oprogramowaniem LabVIEW do rejestracji sygnałów oraz automatyzacji procesów mikroprzepływowych,
• Zautomatyzowany system Diener Zepto do wytwarzania plazmy do mikrofabrykacji układów mikroprzepływowych, które są niezbędne w prowadzeniu eksperymentów z wykorzystaniem technologii mikroprzepływowych.