Naukowcy z Wydziału Biologii UW współtwórcami nowej metody przygotowania RNA do sekwencjonowania

Naukowcy z Instytutu Genetyki i Biotechnologii dr hab. Rafał Tomecki i dr Michał Koper są współautorami nowej metody przygotowania RNA do sekwencjonowania. Byli oni współpracownikami zespołu badawczego pod kierunkiem dr Marii Górnej z Wydziału Chemii UW. Odkrycie ułatwi badania ekspresji genów dla wielu gatunków grzybów, roślin i mikroorganizmów eukariotycznych.

Grupa naukowców zajmujących się biologią strukturalną bada właściwości ludzkich przeciwwirusowych białek IFIT (ang. Interferon-induced proteins with tetratricopeptide repeats). W toku tych badań naukowcy opracowali nową metodę selekcji i wzbogacania RNA, objętą zgłoszeniem patentowym w Polsce, USA i Unii Europejskiej.

Metoda opracowana przez zespół dr Marii Górnej polega na wychwyceniu i wzbogaceniu kodujących RNA dzięki wiązaniu (przez białko IFIT1 unieruchomione na złożu) czapeczki na 5’ końcu RNA – tzw. grupy kap 0, która występuje tylko na końcach mRNA. Niekodujące RNA zostają „odpłukane” i usunięte z próbki, przez co poprawia się jakość danych otrzymanych z sekwencjonowania.

Analiza tak wzbogaconych RNA udowodniła, że nowa metoda z powodzeniem zastępuje komercyjne zestawy stosowane do przygotowywania próbek. Współpracujący z zespołem dr Górnej badacze z IGiB wykazali równolegle, że uprzednio znana metoda, oparta na wiążącym kap cytoplazmatycznym czynniku inicjacji translacji eIF4E czy też jądrowym kompleksie wiążącym kap (CBC), nie nadaje się do próbek RNA drożdży piekarskich – modelowego organizmu w badaniach ekspresji genów i metabolizmu RNA.

Usprawnienia we wzbogacaniu mRNA zaproponowane przez naukowców umożliwiają rozwój badań nad ekspresją genów w szerokim zakresie gatunków charakteryzujących się występowaniem kap 0. Obejmuje to organizmy od grzybów po rośliny, w tym również patogeny powodujące choroby grzybicze lub pasożytnicze.

Wyniki prac zostały opublikowane w czasopiśmie „Nucleic Acids Research”. W badaniach uczestniczyli także naukowcy z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN, m.in. dr hab. Agata Starosta i dr Agnieszka Tudek. Badania zespołu były finansowane m.in. z grantu LIDER NCBiR oraz EMBO Installation Grant.