Informacje o pracach dyplomowych

W Zakładzie Filogenetyki Molekularnej i Ewolucji mogą wykonywać prace licencjackie i magisterskie studenci wszystkich specjalizacji na kierunkach Biologia, Biotechnologia i Ochrona Środowiska, jak również studenci Bioinformatyki, MISMaP i MSOŚ. Tematyka prac dyplomowych jest związana z prowadzonymi badaniami naukowymi, a te dotyczą głównie zagadnień ewolucyjnych, filogenetycznych i biogeograficznych. Prace licencjackie mają najczęściej charakter eksperymentalny (do dyspozycji studentów są pracownie: molekularna, algologiczna, mykologiczna i morfologii roślin), jakkolwiek istnieje również możliwość pisania prac teoretycznych. Powszechnie przyjętą w naszym zakładzie zasadą jest współautorstwo dyplomantów w publikowanych przez pracowników artykułach naukowych.

Poniżej znajdują się krótkie opisy badań prowadzonych przez pracowników ZFMiE, przybliżone tematy teoretycznych i eksperymentalnych prac dyplomowych do wykonania pod ich opieką oraz tytuły prac już zakończonych. Nie ma ogólnych zasad przyjmowania studentów - są one ustalane indywidualnie przez każdego opiekuna. Osoby zainteresowane wykonywaniem pracy dyplomowej w ZFMiE zachęcamy do zadawania pracownikom pytań oraz do odwiedzin w naszym zakładzie.


Opiekunowie:


prof. Bożena Zakryś

tel. 22 55 266 45   zakrys@biol.uw.edu.pl

Tematyka badań:

Taksonomia i ewolucja zielonych euglenin (Euglenida); więcej informacji tutaj

Przykładowe tematy eksperymentalnych (tylko) prac licencjackich i magisterskich:

  • Izolacja ciekawych i rzadkich gatunków euglenin (z naturalnych populacji z terenu Polski) celem zdeponowania ich w światowych kolekcjach kultur glonowych; techniki: różne metody izolacji pojedynczych komórek (m.in. mikromanipulacja), zakładanie i prowadzenie hodowli jednogatunkowych.
  • Biometryczna analiza cech morfologicznych, wybranych gatunków (grup gatunków) euglenin z naszej kolekcji, w zmiennych warunkach hodowli; techniki: mikroskopia świetlna, automatyczna biometria (system analizy obrazu LUCIA), fotografia mikroskopowa.
  • Eugleniny wybranego zbiornika wodnego (m.in. silnie zanieczyszczonego ściekami przemysłowymi, komunalnymi); techniki: mikroskopia świetlna, fotografia mikroskopowa.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych:

  • Katarzyna Jędrzejowska (2018). Weryfikacja taksonomiczna grupy gatunków z rodzaju Lepocinclis na podstawie analiz morfologiczno-molekularnych. Praca licencjacka na kierunku Biologia w ramach MISMaP.
  • Alicja Fells (2017). Ultrastruktura chloroplastu Cryptoglena skujae (Skuja) Marin i Melkonian. Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Katarzyna Chaber (2017). Bioróżnorodność autotroficznych euglenin w zbiornikach wodnych na terenie miejscowości Baniocha i Łubna. Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Michał Woźniak (2017). Bioróżnorodność autotroficznych euglenin w zbiornikach wodnych w okolicy Pruszkowa i Grodziska Mazowieckiego. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.
  • Marta Gapińska (2016). Weryfikacja taksonomiczna rodzaju Discoplastis Triemer na podstawie analiz morfologiczno-molekularnych. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia w ramach MISMaP.

Publikacje, których współautorami byli studenci:

  • Łukomska-Kowalczyk M., Karnkowska A., Milanowski R., Łach Ł., Zakryś B. (2015). Delimiting species in the Phacus longicauda complex (Euglenida) through morphological and molecular analyses. J Phycol 51: 1147-57.
  • Kosmala S., Bereza M., Milanowski R., J. Kwiatowski & B. Zakryś (2007). Morphological and molecular examination of relationships and epitype establishment of Phacus pleuronectes, Phacus orbicularis and Phacus hamelii. J. Phycol. 43: 1071-1082.
  • Kosmala S., Milanowski R., Brzóska K., Pękala M., Kwiatowski J. & B. Zakryś (2007). Phylogeny and systematics of the genus Monomorphina (Euglenaceae) based on morphological and molecular data. J. Phycol. 43: 171-185.
  • Kosmala S., Karnkowska A., Milanowski R., Kwiatowski J. & B. Zakryś (2005). The phylogenetic and taxonomic position of Lepocinclis fusca comb. nova (=Euglena fusca) (Euglenaceae). Morphological and molecular justification. J. Phycol. 41: 1258-1267.

prof. Krzysztof Spalik i dr Łukasz Banasiak

tel. 22 55 266 69   spalik@biol.uw.edu.pl   tel. 22 55 266 76   banasiak@biol.uw.edu.pl

Tematyka badawcza i możliwości wykonywania prac dyplomowych:

Przedmiotem badań naszej grupy jest filogeneza, biogeografia historyczna i ewolucja roślin na przykładzie rodziny baldaszkowatych. Obecnie realizowany jest projekt badawczy dra Łukasza Banasiaka (finansowany przez NCN) poświęcony datowaniu filogenezy baldaszkowatych w oparciu o analizę ewolucji pyłku i dane kopalne. Celem tego grantu jest:

  • opis morfologii pyłku baldaszkowatych i prześledzenie jego ewolucji na drzewie filogenetycznym;
  • identyfikacja trzeciorzędowych skamieniałości pyłku baldaszkowatych i wydatowanie na tej podstawie drzewa rodziny.

Istnieje także możliwość wykonywania prac dyplomowych z zakresu biogeografii historycznej (rekonstrukcja historii ewolucyjnej i ścieżek migracji gatunków) oraz filogenezy i taksonomii roślin.

W trakcie pracy studenci mogą zapoznać się z metodami laboratoryjnymi filogenetyki molekularnej, jak izolacja DNA, PCR i sekwencjonowanie, a także z metodami szacowania filogenezy, kalibracji drzew molekularnych, rekonstrukcji ewolucji cech morfologicznych na drzewie filogenetycznym oraz metodami współczesnej biogeografii historycznej.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych:

  • Michał Gierek (2018). Analiza filogenetyczna kladu Athamanta-Conopodium z wykorzystaniem znaczników chloroplastowych i jądrowych. Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Hanna Kranas (2016). MatPhylobi - narzedzie do automatycznej konstrukcji macierzy danych molekularnych do analiz filogenetycznych na podstawie rekordów GenBank. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.
  • Jakub Baczyński (2015). Rekonstrukcja filogenezy podplemienia Daucinae (Apiaceae) w oparciu o analizy markerów molekularnych. Praca licencjacka na kierunku Biologia.

Publikacje i postery na konferencjach międzynarodowych, których współautorami byli studenci:

  • Baczyński J., Sancay R.H., Banasiak Ł., Spalik K. 2015. Occurrence of Apiaceae pollen grains in the Oligocene and early Miocene sediments of Eastern Anatolia (Turkey) and their importance for phylogeny calibration. Poster, Polish Evolutionary Conference 2015, Poznań.
  • Baczyński J., Banasiak Ł., Wojewódzka A., Czarnocka-Cieciura A., Kosmala-Grzechnik S., Gutaker R., Spalik K. 2014. Paraphyly of former Laserpitieae as revealed by analyses of nuclear and chloroplast markers. Poster, VIII Międzynarodowe Sympozjum Apiales. Stambuł.
  • Kurzyna-Młynik R., Oskolski A.A, Downie S.R., Kopacz R., Wojewódzka A., Spalik K. 2008. Phylogenetic position of the genus Ferula (Apiaceae) and its placement in tribe Scandiceae as inferred from nrDNA ITS sequence variation. Plant Systematics and Evolution, 274: 47-66.
  • Banasiak Ł., Kurzyna-Młynik R., Spalik K. 2008. Discordance of nuclear and chloroplast DNA data in Anthriscus sect. Cacosciadium (Apiaceae). Poster, VI Międzynarodowe Sympozjum Apiales, Moskwa.
  • Spalik K., Wojewódzka A., Downie S.R. 2001. The evolution of fruit in Scandiceae subtribe Scandicinae (Apiaceae). Canadian Journal of Botany, 79 (11): 1358-1374.
  • Spalik, K., Wojewódzka A., Downie S.R., 2001. The delimitation of genera in Apiaceae with examples from Scandiceae subtribe Scandicinae. Edinburgh Journal of Botany, 58(2): 331-346.
  • Spalik K., Żochowska A., Zych M., S. R. Downie. 1999. The definition of genera and infrageneric taxa in Apiaceae: some examples from subtribe Scandicinae.XVI International Botanical Congress, St. Louis, USA.

dr hab. Rafał Milanowski

tel. 22 55 266 41   milan@biol.uw.edu.pl

Tematyka badań:

Obecnie realizujemy dwa projekty badawcze finansowane przez Narodowe Centrum Nauki. Celem pierwszego z nich (Opus 10, więcej informacji tutaj) jest poznanie sekwencji genomów jądrowych dwóch gatunków euglenin (Euglena longa i Euglena hiemalis), a następnie analiza obecnych w nich intronów różnych typów. Celem drugiego projektu (Opus 11, więcej informacji tutaj) jest scharakteryzowanie unikalnych dla Euglenozoa intronów niekonwencjonalnych (poznanie formy fizycznej usuniętych intronów, kolejności ich usuwania, czasu trwania splicigu niekonwencjonalnego i jego lokalizacji w komórce).

W pracach dyplomowych (teoretycznych i eksperymentalnych pracach licencjackich oraz eksperymentalnych pracach magisterskich) poruszane są zagadnienia związane z aktualnie prowadzonymi badaniami.

Stosowane techniki:

  • Techniki biologii molekularnej (Izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, synteza cDNA, PCR, RT-PCR, hybrydyzacja, klonowanie DNA, ustalanie sekwencji końców 5’ i 3’ transkryptów, Fluorescence In Situ Hybridization, sekwencjonowanie Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS).
  • Techniki bioinformatyczne (składanie i analiza sekwencji genomów i transkryptomów, adnotacja genów, ustalanie sekwencji intronowych i ich analiza, analiza struktury drugorzędowej RNA, analizy filogenetyczne).

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych:

  • Antonina Ignatenko (2019). Mechanizmy utraty i nabywania intronów spliceosomalnych w genach jądrowych eukariontów. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia.
  • Katarzyna Kerner (2018). Porównanie kolejności usuwania intronów dwóch typów z transkryptu genu gapC u Euglena gracilis i Euglena agilis. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia.
  • Paweł Hałakuc (2018). Tracing evolutionary changes in rRNA genes of Euglenozoa. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia w ramach MISMaP.
  • Daria Zganiacz (2017). Charakterystyka kolistych cząsteczek kwasów rybonukleinowych - występowanie, funkcje, metody badania. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia w ramach MISMaP.
  • Agata Gondek (2015). Badanie wpływu substancji hamujących działanie spliceosomu ludzkiego na spliceosom Euglena gracilis. Praca magisterska na kierunku Biologia w ramach MISMaP.
  • Natalia Pałczyńska (2015). Rozmieszczenie intronów w genie gapC u Euglena agilis. Uzyskanie konstruktu do badania mechanizmów wycinania intronów niekonwencjonalnych u euglenin w systemie drożdżowym. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia.
  • Agata Kulczycka (2015). Identyfikacja molekularna Euglena sanguinea. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia.

Publikacje, prezentacje i postery na konferencjach międzynarodowych, których współautorami byli studenci:

  • Gumińska N., Płecha M., Walkiewicz H., Hałakuc P., Zakryś B., Milanowski R. (2018). Culture purification and DNA extraction procedures suitable for next-generation sequencing of euglenids. J Appl Phycol, w druku [pobierz plik pdf].
  • Kulczycka A., Łukomska-Kowalczyk M., Zakryś M., Milanowski R. (2018). PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. J Appl Phycol 30: 1759-1763 [pobierz plik pdf].
  • Hałakuc P., Karnkowska A., Milanowski R. (2018). Tracing evolutionary changes in rRNA genes in Euglenozoa. 48th Jirovec’s Protozoological Days by Czech Society for Parasitology, 1-4 May, Ostrava, Czech Republic.
  • Zganiacz D., Milanowski R. (2017). Charakterystyka kolistych cząsteczek kwasów rybonukleinowych (circRNA). Postępy Biochemii 63(3): 221-232 [pobierz plik pdf].
  • Hałakuc P., Karnkowska A., Milanowski R. (2017). Evolution of ribosomal RNA genes in Euglenozoa. 15th International Congress of Protistology, 30 July - 4 August, Prague, Czech Republic.
  • Milanowski R., Gumińska N., Karnkowska A., Ishikawa T., Zakryś B. (2016). Intermediate introns in nuclear genes of euglenids – are they a distinct type? BMC Evol Biol 16:49 [pobierz plik pdf].
  • Milanowski R., Pałczyńska N. (2014). Mechanism of nonconventional introns removal - hypothesis. The Second Polish Evolutionary Conference. September, Rogów, Poland.
  • Milanowski R., Karnkowska A., Pałczyńska N., Ishikawa T, Zakryś B. (2013). Do intermediate introns in nuclear genes of euglenids really exist? 54th meeting of Czech Phycological Society, Workshop on euglenids. 16-18 September, Trebon, Czech Republic.

dr hab. Marta Wrzosek i dr Julia Pawłowska

tel. 22 55 267 27   mwrzosek@biol.uw.edu.pl   tel. 22 55 267 27   julia.pawlowska@biol.uw.edu.pl

Tematyka badań:

Szczegółowe informacje na temat prowadzonych badań można znaleźć tutaj

Stosowane techniki:

  • techniki mikrobiologiczne (prowadzenie kultur in vitro)
  • techniki biologii molekularnej (PCR, sekwencjonowanie, elektroforeza)
  • metody bioinformatyczne (modelowanie struktur rDNA, analizy filogenetyczne)
  • metody badań mykosocjologicznych
  • metody badań olfaktometrycznych

Proponowane tematy prac licencjackich i magisterskich:

  • Grzyby związane z drewnem - sukcesja zasiedlania pniaków po wyrębie
  • Pluskwiaki (roztocza/chrząszcze/skoczogonki) jako wektory przenoszące diaspory grzybów
  • Grzyby epiksyliczne Biebrzańskiego Parku Narodowego
  • Grzyby związane z owadami w Biebrzańskim Parku Narodowym
  • Drogi ekspansji grzybów ingoldowych. Czy kształt zarodników może umożliwiać grzybom latanie z parą wodną?
  • Mykocenozy na martwym drewnie dębu (Quercus robur) w rezerwacie "Las Bielański" - próby oszacowania bogactwa gatunkowego
  • Grzyby z rzędu Mucorales na odchodach Apodemus agrarius i Apodemus flavicollis.
  • Rola owadów w rozsiewaniu grzybów z rzędu Mucorales. Badania eksperymentalne.
  • Wpływ wybranych bakterii glebowych na morfologię, wzrost i rozmnażanie grzybów z rzędu Mucorales

Przykładowe tematy zakończonych prac licencjackich:

  • Łukasz Istel (2016). Mikroskopowe grzyby glebowe Rezerwatu Las Bielański w Warszawie.
  • Alicja Okrasińska (2016). Wstępna charakterystyka siedliska Aureoboletus projectellus we wschodniej części Wybrzeża Słowińskiego.
  • Lidia Serewa (2016). Interakcje symbiotyczne wybranych przedstawicieli rodzaju Mortierella z bakteriami.

Przykładowe tematy zakończonych prac magisterskich:

  • Igor Siedlecki (2018). Rude mrówki leśne z rodzaju Formica i grzyby im towarzyszące w lasach strefy klimatu umiarkowanego - badania wstępne.
  • Alicja Okrasińska (2018). Zastosowanie techniki sekwencjonowania wysokoprzepustowego w badaniu kurhanów kultury ceramiki sznurowej.
  • Lidia Serewa (2018). Symbiozy grzybowo - bakteryjne wśród wybranych przedstawicieli rzędu Mucorales.
  • Marta Tischer (2016). Grzyby związane z owadami i szczątkami roślinnymi w bursztynie bałtyckim.
  • Michał Gorczak (2016). Wstępne badania nad metodami izolacji DNA i molekularną filogenezą Laboulbeniales.
  • Agata Dziedzic (2015). Ewolucja rodzin proteaz serynowych u grzybów o zróżnicowanym trybie życia. (współpromotorstwo z dr Anną Muszewską z IBB PAN).

Przykładowe publikacje, których współautorami są studenci:

  • Pawłowska J., Aleksandrzak-Piekarczyk T., Banach A., Kiersztyn B., Muszewska A., Serewa L., Szatraj K., Wrzosek M. (2016). Preliminary studies on the evolution of carbon assimilation abilities within Mucorales. Fungal Biology 120: 752-763.
  • Wrzosek M., Dubiel G., Gorczak M., Pawlowska J., Tischer M., Bałazy S. (2016). New insights on the phylogeny and biology of the fungal ant pathogen Aegeritella. Journal of Invertebrate Pathology 133:1-7.
  • Gorczak M., Tischer M., Pawłowska J., Wrzosek M. (2016). First record of Hesperomyces virescens (Laboulbeniales, Ascomycota) on Harmonia axyridis (Coccinellidae, Coleoptera) in Poland. Acta Mycologica 51(1): 1071.
  • Koziaczy J., Istel Ł., Wrzosek M. (2016). Grzyby glebowe Parku Skaryszewskiego w Warszawie. W: Romanowski J., Park Skaryszewski w Warszawie. Przyroda i użytkowanie. Warszawa. Wydawnictwo UKSW.
  • Haelewaters D., Gorczak M., Pfliegler WP, Tartally A., Tischer M., Wrzosek M., Pfister DH. (2015). Bringing Laboulbeniales into the 21st century: enhanced techniques for extraction and PCR amplification of DNA from minute ectoparasitic fungi. IMA Fungus 6: 363-372.
  • Wilk M., Banach A., Pawłowska J., Wrzosek M. (2014). Leaf-litter microfungal community on poor fen plant debris in Torfy Lake area (Central Poland). Acta Mycologica 49(1): 31-45.

dr Anna Karnkowska

tel. 22 55 266 41   ankarn@biol.uw.edu.pl

Tematyka badań:

Główny nurt moich badań koncentruje się wokół różnorodności i ewolucji mikroorganizmów eukariotycznych. Od 2017 roku realizuję projekt badawczy finansowany z grantu Narodowego Centrum Nauki (Sonata 11, więcej informacji tutaj). Celem realizowanego projektu jest lepsze zrozumienie ewolucji i funkcji plastydów u wolnożyjących bezbarwnych glonów i próba odpowiedzi na pytanie dlaczego plastydy i ich genomy są zachowywane mimo utraty funkcji fotosyntetycznej.

Prace teoretyczne i eksperymentalne mogą dotyczyć tematyki realizowanego grantu, jak również ewolucji genomów mikroorganizmów eukariotycznych (głównie beztlenowych symbiontów i pasożytów kręgowców i bezkręgowców) oraz różnorodności i funkcji mikroorganizmów eukariotycznych w różnych środowiskach (na podstawie dostępnych danych oraz własnych badań środowiskowych). Jestem jednak otwarta na inne pomysły i nowe kierunki badań.

Prowadzone przeze mnie prace obejmują głównie analizy bioinformatyczne, w tym składanie genomów i transkryptomów, przewidywanie genów i ich adnotację, rekonstrukcję szlaków metabolicznych in silico, analizy filogenetyczne, analizy danych z sekwencjonowania środowiskowego (taksonomiczne – analiza amplikonów i funkcjonalne – analizy metagenomowe). W ramach wykonywanej pracy studenci zapoznają się również z podstawowymi technikami biologii molekularnej (izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, synteza cDNA, PCR, RT-PCR, klonowanie DNA, sekwencjonowanie Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS) oraz z technikami zbierania, izolacji i hodowli mikroorganizmów eukariotycznych.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych:

  • Stanisław Antonowicz (2019). Ocena sposobów reprezentacji i klasyfikacji danych z wykorzystaniem uczenia maszynowego na przykładzie przypisywania funkcji w wybranej rodzinie białek. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.
  • Michał Karlicki (2018). Genomy organellarne mikroorganizmów eukariotycznych w danych metagenomowych. Praca magisterska na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.
  • Magorzata Korzeniecka (2013). Ocena przydatności dwóch markerów molekularnych (cox1 i 18S rDNA) jako potencjalnych barkodów DNA dla autotroficznych euglenin (Euglenea). Praca magisterska na kierunku Biotechnologia
  • Łukasz Łach (2013). Uzyskanie sekwencji 18S rDNA wybranych taksonów z rodzaju Trachelomonas Ehrenberg 1835 (Euglenaceae) wyizolowanych z prób środowiskowych. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.